Я не совсем понял: А почему это у mail.ru в фильтрах почты нет опции «Пометить как прочтенные»? И какой тогда смысл в этой всей фильтрации, если всё равно нужно смотреть в подпапки и отмечать письма как прочтенные?

Фильтры почты в Mail.ru

И это — типа передовой почтовый сервис? То IMAP отключат, то фильтры кастрируют …