Установка Citrix MetaFrame на контроллер домена категорически не рекомендуется вендором. Однако, если сильно хочется, можно понизить контроллер домена до рядового сервера, установить Citrix, и вернуть сервер в контроллеры. После этого необходимо присвоить учетной записи Ctx_SmaUser массу прав доступа и привилегий. Более подробно — http://support.citrix.com/article/CTX106393.
После прочтения сей инструкции меня обуяла жуткая лень, в совокупности с ужасом перед вполне предсказуемыми глюками в будущем (например, после выхода очередного патча/сервиспака), после чего от идеи совмещать PDC или BDC и терминальной службы Citrix Server решено было отказаться.