Вот что нашел по поводу предназначения файла my-hacks.php:

 Главный плюс WordPress в том, что там есть реальная возможность вообще не трогать исходники, чтобы получить такой html, который тебе нужен. Т.е. любую функцию можно вполне легально вызвать в файле подключаемом файле my-hacks.php, взять из неё всё что нужно и передать это “всё, что нужно” в шаблон.