Для предотвращения утечки исходного кода и модификации сценариев JavaScript, VBScript, WSH их можно зашифровать. При этом они сохранят возможность выполняться как и в незашифрованном виде.

Для шифрования служит бесплатная программа Script Encoder:
http://www.microsoft.com/downloads/details.aspx?FamilyId=E7877F67-C447-4873-B1B0-21F0626A6329&displaylang=en

Однако шифрование не является серьезной защитой кода, т.к. шифрование обратимое и алгоритм давно известен. написано несколько программ для расшифровки:

WSH Script Decoder
http://www.shareware4u.de/detail_templ.php?ProgrammID=10313&Dl=1&Alt1=1

Windows Script Decoder 1.8
http://www.virtualconspiracy.com/index.php?page=/scrdec/download