Какие существуют способы узнать версию ПО, используемого для виртуализации из виртуализируемой ОС?
Существуют ли определенные методы выяснения этого?
Есть ли специализированный софт для этого? (VMWare Tools и т.п. — не считается).

Пока подсказали разве что идею идентификации по эмулируемому железу:
http://www.vm4.ru/2009/09/esx-esxi-4-virtual-hardware-7-pci.html
http://www.vm4.ru/2009/08/usb-safely-remove-virtual-nic.html

Как вариант:

на esx(i) версии 4 вместе с vmware tools ставятся dll для perfmona, которые дают доступ к специфическим счетчикам нагрузки.