Если у документов Microsoft Office ярлыки документов стали выглядеть как файлы не ассоциированные ни с какой программой, то не обязательно проблема в вирусе. Скорее всего в погоне за свободным место была почищена папка %WINDIR%Installer:

Если исчезли стандартные иконки файлов Microsoft Office

 
Для решения проблемы пропавших картинок достаточно с другого компьютера скопировать каталог

{90110409-6000-11D3-8CFE-0150048383C9}

в папку WindowsInstaller.

Данное решение справедливо для Microsoft Office 2003. На версиях 2007 и позже не проверял.